Η αρχαία Απτέρα ιδρύθηκε στο χαμηλό ύψωμα Παλιόκαστρο, σε ένα τόπο που παραμένει μοναδικός για τη φυσική του ομορφιά, με τον πανέμορφο κόλπο της Σούδας στα βόρεια και την επιβλητική οροσειρά των Λευκών Ορέων στα νότια. Η στρατηγική θέση της πόλης με τα δυο λιμάνια της, τη Μινώα ( σημερινό Μαράθι ) και την Κίσαμο ( κοντά στις σημερινές Καλύβες ) στην είσοδο του φυσικού κόλπου, που εξασφάλιζε τη δυνατότητα του ελέγχου στη διακίνηση του εμπορίου, ευνόησε την ανάπτυξη της. Για το λόγο αυτό χαρακτηρίστηκε από τον ιστορικό Γ. Σβορώνο η πιο εμπορική πόλη της Κρήτης και στις περιόδους ακμής της, μία από τις πιο ισχυρές. Εξουσίαζε μεγάλη έκταση γης, κυρίως πεδινή και εύφορη, την οποία διέσχιζε στα νότια και ανατολικά ο ποταμός Πυκτός ( σημερινός Κοιλιάρης ). Η αρχαιότερη αναφορά του ονόματος συναντάται στις πινακίδες της Γραμμικής Β γραφής της Κνωσού ως A-pa-ta-wa (14^ος - 13^ος αιώνας π. Χ.). Σύμφωνα με τα ευρήματα των αρχαιολογικών ερευνών αλλά και τις μαρτυρίες αρχαίων γεωγράφων και ιστορικών η οίκηση του συγκεκριμένου λόφου ξεκινά τον 8^ο π. Χ. αιώνα και συνεχίζεται αδιάλειπτα μέχρι τον 7^ο μ. Χ αιώνα, οπότε λόγω ισχυρών σεισμών και πειρατικών επιδρομών η πόλη ερημώνεται. Για την προέλευση του ονόματός της υπάρχουν πολλές δοξασίες, η επικρατέστερη από τις οποίες φαίνεται ότι είναι το επίθετο της Άρτεμης: Άρτεμις Απτέρα. Κατά μία άλλη εκδοχή το όνομά του έδωσε στην πόλη ο επώνυμος ήρωας των Δελφών Πτέρας ή Απτέρας, ενώ σύμφωνα με το μύθο που παραδίδεται από το Στέφανο Βυζάντιο ( 6^ος αι. μ.Χ. ) το όνομα προέρχεται από το μυθικό αγώνα που έγινε μεταξύ των Μουσών και των Σειρήνων, κατά τον οποίο ηττήθηκαν οι Σειρήνες, πέταξαν τα φτερά τους ( έμειναν άπτερες ), έγιναν λευκές και έπεσαν στη θάλασσα.

 

Η περίοδος της μεγάλης ακμής της ως ανεξάρτητης πόλης-κράτους ξεκινά από τον 4^ο π. Χ. αιώνα, οπότε αναδεικνύεται σταδιακά ως η πιο εμπορική πόλη της Κρήτης. Οι εμπορικές και πολιτικές συμφωνίες που συνάπτει με την Αίγυπτο, τη Λιβύη, τα Βασίλεια της Περγάμου και της Βιθυνίας αλλά και ο ορισμός προξένων σε πολλές πόλεις της Κρήτης, της ηπειρωτικής Ελλάδας, την Πελοπόννησο, τα νησιά του Αιγαίου, την Αδριατική, τον Ελλήσποντο και την Μικρά Ασία, σε συνδυασμό με τη στρατιωτική ισχύ και τη διπλωματική της ευελιξία την αναδείκνυαν ακόμη περισσότερο.

 

Ο σεισμός του 364/5 μ. Χ. σήμανε την οριστική παρακμή της και τελικά, ο επόμενος ισχυρός σεισμός, του 7^ου αι. μ. Χ. την οριστική εγκατάλειψή της ως πόλης. Η ίδρυση - πριν από το 1182- της μικρής μονής του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, ιδιοκτησίας της Μονής Πάτμου μέχρι τη δεκαετία του 1960, έγινε σε κεντρικό χώρο της αρχαίας πόλης, ενώ το κάστρο, που βρίσκεται στο βορειοανατολικό άκρο του χώρου, οικοδομήθηκε από τους Τούρκους κατακτητές το 1866. Λίγο μετά τα μέσα του 4^ου αιώνα π. Χ. η πόλη οχυρώθηκε με ισχυρό τείχος μήκους 3.480μ., το οποίο περιβάλλει ολόκληρο το πλάτωμα του λόφου. Κατασκευασμένο από μεγάλους ορθογώνιους λίθους πιο επιμελημένους στη δυτική και τη νοτιοδυτική πλευρά και λιγότερο επιμελημένους ή πολυγωνικούς στην ανατολική, συμπληρώνεται από ορθογώνιους οχυρωματικούς πύργους, στη δυτική πλευρά κυρίως. Στην ίδια πλευρά αποκαλύφθηκε πρόσφατα μία από τις πύλες της ενώ άλλες είσοδοι υπάρχουν στα βορειοανατολικά και στα νότια. Το 1942 ανασκάφθηκε από τους Γερμανούς κατακτητές μικρός δωρικός ναός χαρακτηρισμένος από τους ανασκαφείς «διμερές ιερό» χρονολογημένος στον 5^ο αιώνα π. Χ. Στην ίδια περιοχή έχει αποκαλυφθεί τμήμα μεγάλου ναού που έχει χρησιμοποιηθεί για πολλούς αιώνες και ίσως να αποτελούσε έναν από τους κεντρικούς ναούς της πόλης. Άλλος μικρός δωρικός ναός έχει αποδοθεί από τον ανασκαφέα του, Στυλιανό Αλεξίου, στις θεές Δήμητρα και Περσεφόνη και έχει χρονολογηθεί στον 1^ο αι. μ. Χ. Το θέατρο της πόλης, κατασκευασμένο σε φυσική κοιλότητα στα νότια του χώρου, έχει κτιστά διαζώματα, στα οποία διατηρούνται ορισμένες από τις λίθινες κερκίδες και μέρος της σκηνής. Τα εντυπωσιακότερα για το μέγεθος και τη διατήρησή τους μνημεία είναι οι ρωμαϊκές δεξαμενές που συγκέντρωναν τα όμβρια ύδατα από ανοίγματα της οροφής, αλλά και από πολυάριθμες στέρνες, μέσω ενός δικτύου αγωγών. Οι δεξαμενές τροφοδοτούσαν αντίστοιχα τα δύο μεγάλα λουτρά, τα οποία αργότερα μετατράπηκαν σε εργαστήρια. Στην ίδια περίοδο ανήκει και δημόσιο κτίριο με κόγχες, τμήμα του οποίου διατηρείται σε ύψος. Η Απτέρα είχε δύο νεκροταφεία: ένα στα νοτιοανατολικά με λαξευτούς τάφους και ένα στα δυτικά, στο οποίο διενεργούνται πολλές ανασκαφές τα τελευταία χρόνια. Κοντά στην πύλη έχουν αποκαλυφθεί ταφικά μνημεία και ηρώο με επιγραφές του 1^ου - 2^ου αιώνα μ. Χ. Στην υπόλοιπη περιοχή του νεκροταφείου που εκτείνεται κάτω από τον παλιό οικισμό, υπάρχουν διάφοροι τύποι ταφών όλων των περιόδων, από τον 8^ο αι. π. Χ. μέχρι τον 3^ο μ. Χ. και ποικίλων τύπων, από τους πιο απλούς, με ταφές σε πίθους του 8^ου και 7^ου αι. π. Χ., λακκοειδείς όλων των περιόδων, αλλά και πιο επιμελημένους με μεγάλο θάλαμο λαξευμένο στο βράχο.

 

Αντιπροσωπευτικά ευρήματα διαφόρων χρονικών περιόδων από την πόλη και το νεκροταφείο (αγγεία, νομίσματα, ειδώλια, επιγραφές, γλυπτά και άλλα μικροαντικείμενα) εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων.

 

Μέσα σε αυτό εκτός από τα εργαστήρια αργυρο -χρυσοχοΐας και πολεμικών όπλων, υπήρχαν ναοί αφιερωμένοι σε διάφορους Θεούς, επαύλεις, θέατρο, λουτρά, τεράστιες δεξαμενές νερού και άλλα καταστήματα. Οι Απτεραίοι, δεινοί τοξότες, πολεμούσαν ως μισθοφόροι σε διάφορες περιοχές εκτός Κρήτης φέρνοντας πλούτο στον τόπο τους. Η εισαγωγή της πολύτιμης πρώτης ύλης, που ήταν ο άργυρος, από τους επαναπατριζόμενους μισθοφόρους, έδινε στην πόλη την δυνατότητα να κόψει τα δικά της νομίσματα και να αναπτύξει έτσι περισσότερο τη δική της ανεξάρτητη και δυναμική οικονομία. Τα νομίσματά της ήταν περίτεχνα και απεικόνιζαν συνήθως, στην κύρια όψη τη θεά Άρτεμη και από την άλλη, τον ιδρυτή της πόλης βασιλιά Απτέρα, ενώ άλλοι τύποι τον Απόλλωνα ή την Ήρα και πυρσό, μέλισσα ή τόξο.

 

Ο αρχαιολογικός χώρος της Απτέρας είναι ελεύθερος για τους επισκέπτες καθημερινά από τις 8:30 έως 15:00, εκτός Δευτέρας.

 

Σώζονται επίσης, πλησίον των αρχαιοτήτων δύο φρούρια εξαιρετικού ιστορικού ενδιαφέροντος που κατασκευάστηκαν την περίοδο της Τουρκοκρατίας το φρούριο "Παλαίκαστρο" το οποίο κτίστηκε από τους Τούρκους με αφορμή την επανάσταση του 1866 και το φρούριο "Ιτζεδίν" στην τοποθεσία Καλάμι το οποίο κτίστηκε το 1872 και διέθετε στρατώνες, νοσοκομείο και άλλες εγκαταστάσεις.